Условия охлаждения клинкера влияют на его структуру, минералогический состав и размолоспособность, а также на качество цемента. От скорости охлаждения клинкера зависит соотношение содержащихся в нем кристаллической и стекловидной фаз.

При медленном охлаждении клинкера в интервале температур 1300—1200°С жидкая стекловидная фаза почти полностью кристаллизуется, содержание C₃S увеличивается и образуются минералы С₃А   и C₄AF.

При дальнейшем медленном охлаждении от 1200 до 1000° C₃S частично разлагается, количество его уменьшается, в результате чего увеличивается содержание свободной СаО, которая может вызвать неравномерность изменени объема цемента при твердении (растрескивание). Meдленно охлажденные клинкеры обладают крупнокристаллической структурой и труднее размалываются. Цементы на основе таких клинкеров, как правило, отличаются пониженной активностью и медленно твердеют.

При быстром охлаждении в клинкерах наблюдается повышенное содержание стекловидной фазы, так как процесс кристаллизации расплава не успевает завершиться и большая его часть затвердевает в виде стекла, поэтому в быстроохлажденных клинкерах практически отсутствуют минералы С₃А и C₄AF. СаО в основном остается в стекле, лишь небольшое ее количество переход в мелкокристаллическое состояние, не влияющее на качество цемента. Клинкер с высоким содержанием М также следует резко охлаждать при выходе из печи. Быстроохлажденные клинкеры характеризуются мелк окристаллической структурой. Повышенное содержание стекловидной фазы и мелкокристаллическая структура «линкера обусловливают более легкую его размалываемость. Быстроохлажденные клинкеры обеспечивают цементам более высокую активность, повышенную сульфатостойкость и пониженную усадку.

Рекомендуется медленно охлаждать клинкер до температуры 1200°С в печи с последующим быстрым охлаждением до нормальной температуры в холодильниках. Наиболее резкому охлаждению следует подвергать клинкеры с повышенными значениями глиноземного и силикатного модулей.